La préfecture a en charge la mise en œuvre des « cités éducatives », en coordination avec le rectorat de région académique. Elle participe à l’instruction des projets, à la programmation des moyens, et au suivi de l’expérimentation.

Les services de la préfecture veillent particulièrement à l’articulation des projets avec les instances régionales ou départementales existantes et leurs plans d’action, notamment les schémas départementaux de services aux familles et les schémas départementaux de la vie sociale.