La rectrice de région académique, représentante du ministre de l’Education nationale dans l’académie, est nommée par le Président de la République, par décret pris en Conseil des ministres. A ce titre, elle est responsable de la totalité du système éducatif dans l’académie (primaire, secondaire et supérieur).
Sous l'autorité de la rectrice de région académique, la directrice de cabinet occupe une fonction politique dans le fonctionnement de l'académie.
Sous l'autorité de la rectrice de région académique, le Secrétaire général d'académie est chargé de l'administration de l'académie. En cas d'absence ou d'empêchement, il supplée la rectrice dont il a délégation de signature.
Premier collaborateur de la rectrice par les responsabilités qui lui sont conférées à titre personnel, le Secrétaire général occupe une place spécifique parmi les cadres de l'académie.
Sous l'autorité de la rectrice, l'IA-DAASEN exerce les missions et les responsabilités dévolues aux IA adjoints dans les écoles, les collèges et les lycées publics, et contrôle les établissements privés sous contrat.
Pour mieux tenir compte des spécificités des îles du Nord au sein de la région académique Guadeloupe, le président de la République Emmanuel Macron, lors de sa visite à Saint-Martin en septembre 2018, a annoncé la création d'un poste de vice-recteur, adjoint au recteur de l'académie de Guadeloupe.
Après la création du poste par décret n° 2019-1145 du 6 novembre 2019, Michel SANZ a été nommé vice-recteur, chef du service de l'éducation nationale de Saint-Barthélemy et de Saint-Martin, adjoint du recteur de l'académie de la Guadeloupe par arrêté du ministre de l'Éducation nationale et de la Jeunesse et de la ministre des Outre-mer en date du 18 décembre 2019.
